清澜山学校鼓励学生积极参加课外活动，引导学生发展自主运营的学生社团，发展学习以外的个人兴趣，培养课本以外的技能。在丰富自己的课余生活的同时，得到更全面的成长与锻炼。学校面向初高中学生共成立了50多个社团，涵盖学术、STEM、体育、文化、美术、音乐、表演、社区服务、实践技能等方向。学生可根据自己的兴趣与能力选择参与已有社团，或建立一个属于自己的新社团。所有社团均为学生发起或学生组织，每个社团都将有1-3名教师担任指导老师。